Действие аниме переносит нас в далекий конец XXI века, где человечество рассекает космические просторы на звездном корабле под названием «Аркадия». Внезапно выясняется, что свободное плавание по Вселенной возможно лишь под знаменем «Веселого Роджера», символом свободы и независимости.
В этой Галактике существует множество планет, пригодных для жизни, но лишь одна — Земля — остается единственным пристанищем для человечества. Остальные миры, какими бы прекрасными они ни казались, непригодны для жизни. Именно поэтому Земля становится объектом жадности как для инопланетных захватчиков, так и для самих землян, что приводит к бесконечным конфликтам и борьбе за власть.
Те, кто решается на путь пиратства, навсегда теряют возможность вернуться в свои дома и становятся изгоями в глазах общества. Среди них — главный герой Харлок, продолжающий дело своего отца, космического пирата. Вместе со своей небольшой, но верной командой и подругой Мимэ, Харлок исследует бескрайние просторы космоса, постоянно ощущая одиночество, ведь его детство прошло на звездном корабле.
Харлок не раз становился свидетелем битв космических пиратов с таинственными инопланетянами, прибывающими из самых отдаленных уголков Вселенной. Его отец начал войну с могущественным богом Вотаном, который командовал всеми космическими чудовищами. Теперь Харлок продолжает борьбу своего отца, ведя войну против этого бога и его армии, чтобы защитить свою свободу и независимость.
